In seguito alla prematura scomparsa di due dei Fondatori, Alfredo Giambra e don Antonio Giliberto, la presidenza della Fondazione fu assunta dal prof. Pietro Cavaleri, che di fatto avviò la Fondazione e fu figura di sicuro riferimento per tutte le persone coinvolte nella vita e nelle attività della Weber.
Nel 1997 la presidenza viene assunta dal prof. Antonio Maria Baggio. La Fondazione, dall’iniziale impegno che si limitava all’assegnazione di borse di studio, allarga progressivamente la sua sfera di intervento a varie attività in sostegno della formazione, della ricerca e dell’impegno pubblico dei giovani, anche in collaborazione con varie Università. Entra a far parte della Federazione delle Scuole di formazione sociale e politica Res Nova.
Cogliendo il valore formativo delle campagne di impegno civile e democratico, la Fondazione appoggia le azioni dei giovani delle Scuole “Res nova” e dei “Giovani per un mondo unito” rivolte alla costituzione della “Corte penale Internazionale” e alla sensibilizzazione dell’opinione pubblica e dei governi sul problema del debito pubblico dei Paesi in via di sviluppo. Interessanti esperienze di partecipazione e coinvolgimento della cittadinanza vengono attuate nel campo delle leggi sulla procreazione medicalmente assistita.
Dal 2003 al 2007 la Fondazione organizza corsi di formazione per insegnanti, LINK riconosciuti dal Ministero dell’Istruzione e della ricerca italiano.
Nel 2001 lancia il “Progetto Fraternità”, con il quale sostiene programmi di studio e di ricerca, la cooperazione tra Università dell’America Latina e dell’Europa, le realizzazioni concrete riguardanti l’idea di fraternità nelle sue espressioni sociali e politiche, creando fruttuose interazioni tra esperienze in America Latina e nei Caraibi con l’Europa.
Negli anni successivi produce nuovo materiale didattico destinato alle scuole di formazione per giovani, basato sulla dottrina sociale cristiana: “Economia e Civiltà”, un corso al quale collaborano 40 studiosi, imprenditori e altri protagonisti dell’impegno sociale e pubblico. Ne cura le edizioni in lingua francese LINK (2002) per la Scuola di formazione all’impegno sociale e politico “Toussaint Louverture” a Port-au-Prince (Haiti) e in lingua spagnola LINK (2006), per i “Seminari di formazione alla dottrina sociale cristiana” per i laici e i formatori di varie Diocesi di Cuba. Nel 2007 l’Editrice Città Nuova pubblica l’edizione in lingua italiana LINK. Tutte le edizioni sono disponibili online.
Nel 2011 trasferisce la propria sede presso il Polo Lionello Bonfanti (Incisa in Val d’Arno), per avere una maggiore prossimità ai Centri internazionali con i quali collabora, in particolare l‘Istituto Universitario Sophia di Loppiano.
Nel 2019, insieme a “Comunione e Diritto, rete internazionale di giuristi e operatori del diritto” (Movimento dei Focolari), promuove il “Center for Research in Politics and Human Rights” (PHR), centro di studi avanzati nei campi delle scienze politiche, giuridiche e sociali, costituito nell’Istituto Universitario Sophia (IUS) di Loppiano in Figline e Incisa Valdarno (Firenze). Link PHR La Fondazione è anche “ente mantenitore” del PHR, cui collaborano numerosi Centri di ricerca nel mondo.